早在江苏督军之际，冯国璋便与桂系军阀陆荣廷私下往来，冯国璋不欲皖系南征，主要是为了袒护屯兵两广的陆荣廷。而皖系与直系，其实亦是互相牵制：直系虽然掌握着江苏、湖北和江西，但是三个省不相连接，尤其是江苏，处于皖系势力控制的山东、河南和安徽包围之下，枕畔还有皖系卢永祥控制的上海；但皖系若要南下作战，就必须要经过直系控制的地盘，尤其是要在湖南用兵，就必须经过湖北和江西。因此，双方便在这个问题上各退一步，皖系不经过江苏也就不危及两广，而选择经由江西、湖北向川湘进攻。冯国璋与陆荣廷关系笃深，与滇系唐继尧等人则鲜有往来，所以便在川湘问题上迁就皖系。
但是，冯国璋在对南作战上接连与段祺瑞产生摩擦，已然让段氏心生不满。随后皖系进军湖南，初期连战连捷，使段祺瑞产生错觉，以为南北统一非常容易，于是便决定集中精力去除肘腋之患。所谓“肘腋之患”说的自然就是冯国璋。当时皖系内阁有“政变倒冯”和“合法驱冯”两种说法：“政变倒冯”即由皖系将领倪嗣冲和皖系的盟友张作霖宣布独立，在天津设立临时政府，推徐世昌为大元帅代总统权，进军北京逼冯国璋下台；“合法驱冯”即迅速成立临时参议院为代立法机关，修改《国会组织法》与两院议员选举法，根据新的选举法召集新国会改选总统。但冯国璋毕竟不同于黎元洪，背后有直系的“长江三督”为后盾，手下又有禁卫军，若同室操戈则可能弄巧成拙，于是段祺瑞一时也不敢有所行动。